Институт охраны здоровья детей и подростков АМН Украины был организованн в октябре 1922 года в Харькове как первый Украинский государственный институт охраны материнства и детства. В 1965 году учреждение было реорганизовано в Харьковский НИИ охраны здоровья детей и подростков им. Н. К. Крупской МЗ Украины. В 2000 году вошел в состав Академии Медицинских Наук Украины.